Работы за 2002 г.
1.
Vityaev E.E., Orlov Yu.L., Pozdnyakov M.A., Vishnevsky O.V.,
Kolchanov N.A., Kovalerchuk B.K. Knowledge Discovery for Promoter Structure
Analysis. In: Proceedings of the International Conference on Imaging Science,
Systems, and Technology Eds.: Hamid R. Arabnia, Youngsong Mun, Las Vegas, Nevada,
USA, June 24-27, 2002, CSREA Press, v.1, 122-128.
2. Vityaev E.E., Orlov Yu.l., Pozdnyakov M.A., Vishnevsky O.V. Kolchanov N.A. Computer system "Gene Discovery" for promoter structure analysis. In Silico Biology, (Bioinformation Systems e.V.), 2002, 2(3):257-62. <http://www.bioinfo.de/isb/2002/02/0024/>
3. Витяев Е.Е., Орлов Ю.Л., Поздняков М.А., Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Компьютерная система "Gene Discovery" для поиска закономерностей и представления знаний по регуляции генной экспрессии в интегрированной электронной библиотеке GeneExpress. Труды Четвертой Всероссийской научной конференции «Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции». Дубна, 15-17 октября 2002 г. Том. 2. стр. 84-93.
4. Orlov Yu.L., Filippov V.P., Potapov V.N., Kolchanov N.A. Construction of stochastic context trees for genetic texts. In Silico Biology, (Bioinformation Systems e.V.), 2002, 2(3):233-47. <http://www.bioinfo.de/isb/2002/02/0022/>
5.
Omelianchuk N.A., Gusev, L.A. Nemytikova
L.A., Aksenovich A.V.
Comparative analysis of cDNA sequences of APETALA1 homologues. In:
Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome
Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 2: 66-68.
6.
Vishnevsky O.V.,
Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Vityaev
E.E. ARGO_VIEWER: A system
for recognition and analysis of gene regulatory elements in eukariotes. In:
Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome
Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 1: 62-64.
7. Vityaev E.E., Orlov Yu.L., Pozdnyakov M.A., Vishnevsky O.V., Kolchanov N.A., Podkolodnii N.A. GENE DISCOVERY COMPUTER SYSTEM FOR ANALYSIS OF REGULATORY REGIONS. In: Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 3: 257-259.
8. Gusev V.D., Nemitikova L.A., Orlov Yu.L., Filippov V.P. INTERNET-AVAILABLE SOFTWARE SYSTEM LZCOMPOSER FOR ANALYSIS OF GENOME SEQUENCE STRUCTURE ON THE BASIS OF COMPLEXITY DECOMPOSITIONS. In: Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 3, 260-263.
9. Orlov Yu.L., Gusev V.D., Nemitikova L.A. Software Package LZcomposer: analysis of occurrence of repeats in complete genomes. In: Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 3: 247-250.
10.
Levitsky V.G., Podkolodny N.L. Analysis of the nucleosome
potential of DNA sequences generated by SELEX-experiments and possessing by the
low and high affinity to histone octamer. In: Proceedings of the IIId
International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure,
Novosibirsk, 2002, 1: 158-160.
11. Levitsky V.G. Katokhin A.V., Lavryushev S.V. Recognition of eukaryotic promoters using genetic algorithm based on iterative discriminant analysis In: Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 1: 72-76.
12. Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Proscura A.L., Pozdnyakov M.A., Busygina T.V. Recognition of binding sites for the transcription factors SREBP, PPAR, HNF4, COUP-TF, and SF-1 by a genetic algorithm based on iterative discriminant analysis. In: Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 1: 51-54.
13.
Suslov
V.V.,
Vityaev E.E. Gene
network interpretation by Anokhin theory of functional systems.
In: Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of
Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 85-88.
14.
Orlov Yu.L., Filippov V.P., Potapov V.N.
Recognition of DNA functional sites and segmentation of genomes using program
“Complexity”.
In: Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of
Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 3: 243-246.
15.
Pozdnyakov M.A., Vityaev E.E., Ananko E.A., Busygina T.V.,
Proscura A.L., Podkodnaya O.A., Podkodny N.L., Merkulova T.I., Kolchanov N.A.
Detection of the core structure of transcription factor binding sites. In:
Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome
Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 3: 251-254.
16.
Proscura A.L., Ignatieva E.V. Molecular-genetical mechanisms of
adipocyte regulation: representation in GeneNet database. In: Proceedings of the
IIId International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and
Structure, Novosibirsk, 2002, 2: 74-77.
17.
Vityaev E.E., Kostin V.V., Podkolodny N.A., Kolchanov N.A. NATURAL
CLASSIFICATION OF NUCLEOTIDE SEQUENCES. In: Proceedings of the IIId
International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure,
Novosibirsk, 2002, 3: 197-199.
18. Oshchepkov D.Yu., Turnaev I.I., Vityaev E.E. Study of the Context-Dependent Conformational and Physicochemical Properties of DNA Functional Sites. In: Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 1: 43-47.
19.
D. Yu. Oshchepkov, I.I. Turnaev, and E.E. Vityaev. SITECON: a
Method for Recognizing Transcription Factor Binding Sites Basing on Analysis of
Their Conservative Physicochemical and Conformational Properties.
In: Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of
Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, 1: 40-43.
Работы за 2003 г.
20.
Kolchanov N.A.,
Pozdnyakov M.A., Orlov Yu.L., Vishnevsky O.V., Podkolodny N.L., Vityaev E.E. and
Kovalerchuk B. Computer System “Gene Discovery” for Promoter Structure
Analysis. In: Artificial Intelligence and Heuristic Methods in Bioinformatics.
Editors: P. Frasconi and R. Shamir Publisher: IOS Press. 2003 ISBN
1-58603-294-1, pp.173-192.
21.
Vityaev E., Demenkov P., Empirical Theory Discovery,
Вероятностные идеи в науке и философии,
материалы региональной конференции,
Новосибирск, 2003, стр. 86-89. (Vityaev E., Demenkov P., Empirical
Theory Discovery. In: Probabilistic ideas in science and philosophy (Proceedings
of the region conference, Novosibirsk, 23-26 sept., 2003), Novosibirsk, 2003,
стр. 86-89).
22.
Orlov Yu.L., Gusev
V.D., Miroshnichenko L.A. LZ composer: decomposition of genomic sequences by
repeat fragments. Biofizika (Mosk) (submitted in 2003).
23.
Vishnevsky O.V.,
Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L. ARGO_VIEWER: a
package for recognition and analysis of regulatory elements in eukaryotic genes.
In: Bioinformatics of
Genome Regulation and Structure. Eds.
by N.Kolchanov and R.Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London,
2004, pp.71-80.
24.
Oshchepkov D.Yu.,
Turnaev I.I., Pozdnyakov M.A., Milanesi L., Vityaev E.E., Kolchanov N.A. SITECON—a
tool for analysis of DNA physicochemical and conformational properties: E2F/DP
transcription factor binding site analysis and recognition. In:
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. Eds.
by N.Kolchanov and R.Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London,
2004, pp.93-102.
25.
Vishnevsky O.V.,
Avdeeva I.V., Kochetov A.V. Study of the specific contextual features of
translation initiation and termination sites in Saccharomyces Cerevisiae. In:
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. Eds.
by N.Kolchanov and R.Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London,
2004, pp.213-222.
26.
Oshchepkov D.Yu.,
Turnaev I.I., and Vityaev E.E. SITECON: A method for recognizing transcription
factor binding sites basing on analysis of their conservative physicochemical
and conformational properties (2003). In:
Proceednings of the First International Moscow Conference on Computational
Molecular Biology (MCCMB’2003), pp 178-179.
27. Михиенко Е.В., Витяев Е.Е. Моделирование работы функциональной системы. Нейроинформатика и ее приложения. // Материалы ХI Всероссийского семинара Нейроинформатика и ее приложения, 3-5 окт. 2003), Красноярск, 2003, стр.1-2.
28. Levitsky V.G., Katokhin A.V. Recognition of eukaryotic promoters using a genetic algorithm based on iterative discriminant analysis. In Silico Biology, 2003;3(1-2):81-7 (http://www.bioinfo.de/isb/2003/03/0008/)
29.
Yu.L. Orlov, V.D. Gusev, L.A. Nemytikova, V.N. Potapov,
N.A.Kolchanov. Internet-available
software packages for analysis of DNA sequence complexity. // Proceedings
of the 2003
International Conference on Mathematics and Engineering Techniques in Medicine and Biological Sciences (METMBS'03)
2003, Monte Carlo Resort, Las Vegas, Nevada, USA, METMBS,
San Diego State University (http://metmbs.sdsu.edu/), 2003, 1-4.
Работы за 2004 г.
30. Orlov Yu.L., Potapov V.N. (2004) Complexity: Internet-resource for analysis of DNA sequence complexity. // Nucleic Acids Res. Web-issue 2004, V. 32, p. 628-633.
31. Levitsky V.G. (2004) RECON: a program for prediction of nucleosome formation potential. // Nucl. Acids. Res., V.32(Web Server issue): W346-W349.
32. Левицкий В.Г., Орлов Ю.Л. (2004) Компьютерный анализ сайтов формирования нуклеосом. // III Съезд биофизиков России. 24-29 июня 2004 г. Воронеж. Тезисы докладов. Воронежский госуниверситет, Том II.(VIII.21) с.772-773.
33. Орлов Ю.Л., Морозов А.В., Поплавский А.С., Подколодный Н.Л. (2004) Компьютерный анализ прямых и инвертированных повторов в полных геномах. // III Съезд биофизиков России. 24-29 июня 2004 г. Воронеж. Тезисы докладов. Воронежский госуниверситет, Том II.(VIII.32) с.784-786.
34. Поздняков М.А., Проскура А.Л., Шипилов Т.И., Орлов Ю.Л., Витяев Е.Е. (2004) Компьютерный анализ контекстной структуры нуклеотидных последовательностей промоторных районов генов эукариот. // III Съезд биофизиков России. 24-29 июня 2004 г. Воронеж. Тезисы докладов. Воронежский госуниверситет, Том II.(VIII.35) с.788-789.
35.
Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г.,
Орлов Ю.Л. (2004) Образовательные
программы по биоинформатике в НГУ. // III Съезд
биофизиков России. 24-29 июня 2004 г. Воронеж.
Тезисы докладов. Воронежский
госуниверситет, 2004, Том II.
(IX.3)
с.806-807.
36.
Орлов Ю.Л. Компьютерная реализация
оценок сложности текстов. // Российская
конференция "Дискретный анализ и
исследование операций (ДАОР)". Материалы
конференции (Новосибирск, 28 июня - 2 июля 2004 г.).
Новосибирск: Изд-во Ин-та математики, 2004, стр.
225.
37. Орлов Ю.Л. (2004) Анализ повторов в полных бактериальных геномах. // Труды III съезда ВОГиС. Москва, 6-12 июня 2004. "Генетика в XXI веке: современное состояние и перспективы развития". Том II. с.364.
38. Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г. (2004) Компьютерное определение контекстного кода позиционирования нуклеосом. // Труды III съезда ВОГиС. Москва, 6-12 июня 2004. "Генетика в XXI веке: современное состояние и перспективы развития". Том II. с.365.
39. Поздняков М.А., Орлов Ю.Л., Проскура А.Л., Витяев Е.Е. (2004) Компьютерное исследование промоторных районов генов эукариот методами поиска закономерностей и анализа данных. // Труды III съезда ВОГиС. Москва, 6-12 июня 2004. "Генетика в XXI веке: современное состояние и перспективы развития". Том II. с.366.
40.
Orlov Yu.L., Proscura
A.L., Vityaev E.E., Arrigo P. (2004) Context
features of transcription factor binding site sequences: relation to DNA-binding
domain classification. // Proceedings of BGRS'2004, Novosibirsk, Inst. of
Cytology&Genetics Press, V.1, p.158-161.
41. Orlov Yu.L., Levitsky V.G. (2004) Nucleosome positioning signal analysis. // Proceedings of BGRS'2004, Novosibirsk, Inst. of Cytology&Genetics Press, V.1, p.149-152.
42. Orlov Yu.L., Potapov V.N., Poplavsky A.S. (2004) Computer analysis of genomic sequence complexity: new applications. // Proceedings of BGRS'2004, Novosibirsk, Inst. of Cytology&Genetics Press, V.1, p.153-157.
43. Pozdnyakov M.A., Orlov Yu.L., Vishnevsky O.V., Proscura A.L., Vityaev E.E., Arrigo P. (2004) Analysis of gene regulatory sequences by knowledge discovery methods. // Proceedings of BGRS'2004, Novosibirsk, Inst. of Cytology&Genetics Press, V.1, p.170-173.
44. Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Busygina T.V., Merkulova T.I. ANALYSIS OF THE CONTEXT FEATURES OF SF-1 BINDING SITE AND DEVELOPMENT OF A CRITERION FOR SF-1 REGULATED GENE RECOGNITION BY THE SITEGA METHOD // Proceedings of BGRS'2004, Novosibirsk, Inst. of Cytology&Genetics Press, V.1, pp 119-122
45. Levitsky V.G., Pichueva A.G., Kochetov A.V., Milanesi L. DNA NUCLEOSOME ORGANIZATION OF THE FUNCTIONAL GENES REGIONS AND ITS RELATION TO GENE EXPRESSION LEVEL // Proceedings of BGRS'2004, Novosibirsk, Inst. of Cytology&Genetics Press, V.1, pp 123-125
46. Levitsky V.G., Proscura A.P., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A. NUCLEOSOME FORMATION POTENTIAL OF THE GENE REGULATORY REGIONS // Proceedings of BGRS'2004, Novosibirsk, Inst. of Cytology&Genetics Press, V.1, pp 130-133
47. Oshchepkov D.Yu., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. SITECON: A TOOL FOR TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE RECOGNITION // Proceedings of BGRS'2004, Novosibirsk, Inst. of Cytology&Genetics Press, V.1, pp 162-165
48. Vishnevsky O.V., Ignatieva E.V., Arrigo P. THE ARGO_SITES: AN ANALYSIS AND RECOGNITION OF THE TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES BASED ON SETS OF DEGENERATE OLIGONUCLEOTIDE MOTIFS // Proceedings of BGRS'2004, Novosibirsk, Inst. of Cytology&Genetics Press, V.1, pp 204-207
49. Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Krestyanova M.A., Demenkov P.S., Znobisheva E.K., Ivanov E.E., Grigorovich D.A. PDBSITE, PDBLIGAND AND PDBSITESCAN: A COMPUTATIONAL WORKBENCH FOR THE RECOGNITION OF THE STRUCTURAL AND FUNCTIONAL DETERMINANTS IN PROTEIN TERTIARY STRUCTURES COMBINED WITH PROTEIN DRAFT DOCKING // Proceedings of BGRS'2004, Novosibirsk, Inst. of Cytology&Genetics Press, V.1, pp 269-273
50. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот // Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.