Гипотетические генные сети (ГГС), являются теоретическими объектами, которые строятся из элементов двух типов: «генетических элементов» (ГЭ) и «регуляторных механизмов».
Под «генетическим элементом» понимается объект, состоящий из последовательности на ДНК, кодирующей РНК или белок и всех генетических элементов и сайтов, необходимых для осуществления регуляции его экспрессии. Под «регуляторным механизмом» понимается некоторая совокупность молекулярно-генетических событий, осуществление которых приводит к увеличению или уменьшению эффективности экспрессии генетического элемента в ответ на повышение или уменьшение концентрации в среде тех или иных веществ.