НШ-2069.2003.1 Руководитель: академик Ю. Л. Ершов

НШ-1172.2003.1 Руководитель: академик М. М. Лаврентьев

НШ-2112.2003.1 Руководитель: чл.-корр. С. С. Гончаров

НШ-311.2003.1 Сибирская научная школа геометрии, топологии и квазиконформного анализа. 
Руководитель: академик Ю. Г. Решетняк

НШ-2139.2003.1 Руководитель: академик А. А. Боровков

НШ-9019.2006.1 Вычислительные методы, алгоритмы и их программная реализация для решения задач механики сплошных сред, основанные на современной формализации термодинамики и на нетрадиционных постановках задач линейной алгебры.
Руководитель: академик С. К. Годунов

НШ-80.2003.6  Руководитель: доктор физико-математических наук В. A. Васильев