Том 18, номер 3, 2011 г., Стр. 65-75

УДК 519.7
Кутумова Е. О.
Циклы функционирования дискретной модели регуляторного контура генной сети с пороговыми функциями

Аннотация:
Найден новый класс циклов функционирования дискретной модели регуляторного контура генной сети с пороговыми функциями. Получено описание циклов класса в зависимости от значения параметра p — весового порога значений функций и n — числа вершин сети. Доказаны критерий p-собственности и теорема о сводимости описания циклов для произвольного p > 3 к описанию 4-собственных циклов и наследственных циклов при p = 3.
Ил. 1, библиогр. 9.

Ключевые слова: генная сеть, дискретная модель, регуляторный контур, цикл функционирования, пороговая функция.

Кутумова Елена Олеговна ^1,2
1. Институт математики им. С. Л. Соболева СО РАН,
пр. Акад. Коптюга, 4, 630090 Новосибирск, Россия
2. Конструкторско-технологический институт вычислительной техники СО РАН,
ул. Институтская, 6, 630090 Новосибирск, Россия
е-mail: e.o.kutumova@gmail.com

Статья поступила 26 апреля 2011 г.

Литература

[1] Григоренко E. Д., Евдокимов А. А., Лихошвай В. А., Лобарева И. А. Неподвижные точки и циклы автоматных отображений, моделирующих функционирование генных сетей // Вестн. ТГУ. — 2005. — T. 14. — C. 206–212.

[2] Евдокимов А. А., Лиховидова Е. О. Дискретная модель генной сети циркулянтного типа с пороговыми функциями // Вестн. ТГУ. — 2008. — Т. 2, № 3. — C. 18–21.

[3] Лихошвай В. А., Голубятников В. П., Демиденко Г. В., Евдокимов А. А., Матвеева И. И., Фадеев С. И. Теория генных сетей // Системная компьютерная биология. — Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2008. — C. 397–480.

[4] Оре О. Теория графов. — М.: Наука, 1980. — 336 c.

[5] Evdokimov A. A., Kutumova E. O. The discrete model of the gene networks regulatory loops with the threshold functions // Proc. 7th Int. Conf. on bioinformatics of genom regulation and structure (Novosibirsk, June 20–27, 2010). — Novosibirsk: SB RAS, 2010. — P. 155.

[6] Kauffman S. A., Smith R. G. Adaptive automata based on Darwinian selection // Physica D. — 1986. — Vol. 22, N 1–3. — P. 68–82.

[7] Kauffman S. A. At home in the universe: the search for the laws of selforganization and complexity. — Oxford: Oxford Univ. Press, 1995. — 321 p.

[8] Komarov A. V., Akberdin I. R., Ozonov E. A., Evdokimov A. A. On the reconstruction of a genetic automation on the basis of Boolean dynamic data // Proc. 5th Int. Conf. on bioinformatics of genom regulation and structure (Novosibirsk, July 16–22, 2006). Vol. 3. — Novosibirsk: SB RAS, 2006. — P. 69–73.

[9] Kutumova E. O., Evdokimov A. A. Reversible states of the functioning of regulatory circuits discrete models of gene networks // Вестн. ТГУ. — 2011. — T. 14, № 1. — C. 85–94.